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processing_stream_-_project_folder_structure

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processing_stream_-_project_folder_structure [2010/05/26 20:13]
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 **This example is not meant to be comprehensive in the sense that you will almost certainly experience the need to add your own branches to the structure (and equally drop those that are not required in your situation)!** **This example is not meant to be comprehensive in the sense that you will almost certainly experience the need to add your own branches to the structure (and equally drop those that are not required in your situation)!**
  
-  ​* project folder ​(if collaboration is requiredshould reside in a location that is independent of your "​home"​ directory+<​file>/​Volumes 
-    ​* imaging ​(folder containing the scanned data and any subsequent processing and analysis steps)+ | ---- /​OlfacStroop 
 + ​| ​      | -------- /​Documents 
 + ​| ​      ​| ​          | ------ /​Literature 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​        | ------- /​2007_Walter_et_al__Olfaction_Attention.pdf 
 + ​| ​      ​| ​                               (...) -> further articles to cite 
 + ​| ​      ​| ​          ​Imaging 
 + ​| ​      ​| ​          | ---- /Analyses 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      | ----- /GLM 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |- /​OLSTR_21subjects_OLS_masked_PSC.glm 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |   (...) -> additional regression results for comparison 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       (...) -> additional folders with other methods (e.g. ICAMediation
 + |       ​| ​          | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​Subjects 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      | ----- /​OLSTR8122 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       | ------ /​anatomical 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         | ------- /spgr 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​        | - /spgr.nii 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​        ​| ​   (...-> additional files (normalization parameters, etc.) 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         dti 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         |- /​dtivol_001.nii 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​   (...) -> additional files (different gradient directions) 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​functional 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         | ------- /​run01_240_focus 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​         | ------------ /​akvol_00001.nii 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​         |               (...) -> volumes 2 through 240, preprocessing 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​         run02_240_distract 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         ​| ​         (...) -> additional folders (another task, etc.) 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         raw 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |         |- /240r_3 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |             | --- /​IM-0003-00001.dcm 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |             ​| ​     (...) -> additional DICOM files 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       | 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​       |             (...) -> additional DICOM folders 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​             
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​        (...) -> next subject 
 + ​| ​      ​| ​          ​| ​      ​| ​        </​file>​
processing_stream_-_project_folder_structure.txt · Last modified: 2010/05/27 00:14 by jochen